El día de Año Nuevo de 1941 se constituye la primera Junta Directiva, continuando D. Francisco Ruiz como Hermano Mayor. El treinta de marzo de ese mismo año, coincidiendo con el segundo aniversario de la aprobación de los Estatutos, se celebraría en la iglesia de San Basilio, a las diez y media de la mañana, la Fiesta de Fundación de nuestra Cofradía. Diez días más tarde, el diez de abril, Jueves Santo, tendría lugar la primera Estación de Penitencia fuera del barrio, adentrándose por las calles céntricas de nuestra ciudad.

En 1943 accede al cargo de Hermano Mayor D. Juan Rodríguez Mora quien, junto a su nueva Junta de Gobierno, se esfuerza en consolidar la Hermandad y basa sus proyectos en el incremento de los atributos del desfile, la mejora de las andas y ajuar del Señor, así como una mayor acción social en un barrio en el que abundaban las necesidades. Entre estos proyectos, cabe destacar, la obra realizada en la capilla de Nuestro Sagrado Titular, que se lleva a cabo gracias a la inestimable colaboración del Teniente Coronel del Depósito de Sementales, quien sufraga todos los materiales necesarios, acuartelamiento que mantiene unos estrechos lazos con la Hermandad hasta su desaparición. La labor desarrollada por Rodríguez de Mora viene refrendada por su reelección en mayo de 1.947 para un segundo mandato, pero dimite unos meses después, agosto de ese mismo año, abriéndose un corto periodo de provisionalidad.

La Estación de Penitencia el Miércoles Santo se constituye como el principal acto religioso anual de la Cofradía. Su itinerario experimenta diversos cambios durante esta etapa, siendo el más usual el tránsito por los alrededores de la Catedral y las calles Cardenal González y San Fernando hasta alcanzar la Carrera Oficial. El recorrido de vuelta discurre por la Judería hasta llegar a su barrio del Alcázar Viejo. No obstante, durante muchos años el itinerario de vuelta se hace por el Paseo de la Victoria y Doctor Fleming, pero al ser poco lucido queda suprimido en décadas posteriores. La labor de D. Joaquín Fernández de Córdoba fue reconocida con la concesión del título de Hermano Mayor Honorario por la Junta de Gobierno presidida por su sucesor D. Jerónimo Maestre Molina.

Durante la década de los setenta ocuparían el cargo de Hermano Mayor D. Rafael Bocero Dovado, D. Juan Soler Fuentes, D. Manuel Fernández Jurado y D. José García Suárez, quienes realizarían una labor dedicada a la ampliación del patrimonio de la Hermandad y de acción social en colaboración con la parroquia.
La década de los ochenta supone un resurgir general de la Semana Santa cordobesa y particular de nuestra Hermandad. En mayo de 1982, D. Lucio Gómez Gozalo accede al cargo de Hermano Mayor y comienza un importante y necesario proceso de modernización de la Cofradía.

Se inicia un periodo en el que se llevan a cabo ambiciosos proyectos como la apertura de la puerta exterior en la capilla de Nuestra Señora del Tránsito para que puedan salir los pasos de Nuestros Sagrados Titulares, cuyas principales novedades son su adaptación para ser portados por costaleros y la incorporación del palio ochavado para María Santísima del Amor en la Semana Santa de 1983. Esta circunstancia no solo supuso un aumento del patrimonio físico y artístico de la Cofradía, sino que también se produjo un incremento del patrimonio más importante que toda Hermandad puede tener: el patrimonio humano. Fueron muchas las personas (costaleros, capataces, etc.) que se incorporaron de manera más activa a la Cofradía pudiéndose, así, afrontar ambiciosos proyectos como el montaje de la caseta en la feria de Nuestra Señora de la Salud, así como diferentes actividades que repercutirían tanto en la acción social como patrimonial de la Hermandad.

Si bien D. Lucio Gómez extinguiría su mandato como Hermano Mayor, su actividad en la Cofradía no disminuiría realizando diferentes funciones de asesoría, delegado de cultos o vestidor de Nuestros Sagrados Titulares entre otras. Dicha labor fue recompensada con el reconocimiento, a título póstumo, de Cofrade Ejemplar por la Agrupación de Hermandades y Cofradías de Córdoba en el año 2006.

En octubre de 1987, el Cabildo General de hermanos designa a D. Manuel Alonso Durán para regir el destino de la Cofradía. En ese mismo año, la Hermandad nombra Hermano Mayor Honorario al Cuerpo Superior de Policía, motivo por el cual la imagen del Santo Ángel Custodio con el Niño (Patrón del Cuerpo) pasa a ocupar un lugar privilegiado en la calle central de la candelería del paso de palio de Nuestra Señora del Amor.

El año de 1988 supone un momento agridulce para nuestra Cofradía. Por un lado, la Imagen de Nuestro Padre Jesús de la Pasión es elegida para presidir el Vía Crucis de las Cofradías celebrado en la Catedral el día 20 de febrero. Sin embargo, en el mes de abril de ese mismo año, se produce el hundimiento parcial de la Parroquia de San Basilio que, si bien no provoca pérdidas personales ni materiales para la Cofradía, provoca que las Sagradas Imágenes deban ser trasladadas a unas dependencias anejas de la parroquia debido a que la Capilla, donde habitualmente se exponen a sus fieles, amenaza ruina. Esta circunstancia motiva además que la Hermandad deba realizar su Estación de Penitencia desde la Santa Iglesia Catedral entre 1989 y 1992. Antes de finalizar su mandato D. Manuel Alonso dimite abriéndose un periodo de interinidad durante los años 1989 y 1990 regida por una junta gestora presidida por D. Juan Pérez Sánchez.

D. Juan Pérez Sánchez asumirá el gobierno de la Hermandad, ya como Hermano Mayor, entre los años 1990 y 1994. Durante su mandato se acometerá una radical remodelación del paso de María Santísima del Amor suprimiéndose su característica ochava del palio y realizándose, entre lo más destacado, unos nuevos respiraderos de alpaca, obra de la Viuda de Villarreal, así como las bambalinas diseñada por Fray Ricardo de Córdoba. Durante este mandato se cumplió el Quincuagésimo Aniversario de la fundación de la Hermandad, pero el hecho de no contar con su habitual sede canónica motivó que no se realizaran actos conmemorativos de dicha efeméride.

En 1995, D. José Montes de la Rosa inicia una primera etapa en la dirección de la Cofradía. Durante este periodo la Hermandad vuelve nuevamente a su sede y Nuestros Titulares se instalan definitivamente en su actual capilla. El 2 de octubre de 1995, festividad del Santo Ángel Custodio, la Dirección General de la Policía Nacional impuso el fajín de honor y la medalla al mérito policial a María Santísima del Amor en un solemne acto celebrado en la Santa Iglesia Catedral y presidido por el Obispo D. José Antonio Infantes Florido. Tal motivo posibilitó que la imagen de Nuestra Titular procesionara en una salida extraordinaria sin la habitual compañía de su inseparable San Juan Evangelista. También en este año se vio incrementado el patrimonio de la Cofradía con la donación, por parte de los costaleros del palio, del actual llamador del paso que representa la imagen de un pelícano abriéndose el pecho para alimentar a su polluelo, símbolo bíblico del Amor de Dios por sus hijos. Esta pieza fue diseñada por D. Antonio Bernal Redondo y ejecutada por D. Francisco Díaz Roncero.

Los años 1996 y 1997 marcarán el periodo en el que D. José Cañete García, bisnieto del fundador de nuestra Cofradía, ejercerá como Hermano Mayor. Sin embargo, diferentes circunstancias internas en el seno de nuestra Hermandad hicieron que tuviera que abandonar su labor antes de tiempo.

D. Antonio Jurado Priego sería, durante los años 1999 y 2002, quien volverá a dar estabilidad a la dirección de la Hermandad. Durante su mandato celebraríamos el Quincuagésimo Aniversario de la primera salida procesional de María Santísima del Amor, para lo cual se restauran los varales y se estrenan las jarras del paso de palio, que son realizadas por Talleres Villarreal. D. Antonio Bernal llevó a cabo una profunda restauración de las tres imágenes de Nuestros Sagrados Titulares, destacando la recuperación de la policromía original de Nuestro Padre Jesús de la Pasión. También, durante esta etapa, se acomete la renovación de los hábitos penitenciales que la Cofradía luce cada Miércoles Santo incorporado la capa de los mismos y dándoles la configuración actual.

D. José Montes de la Rosa volvería a ponerse al frente de la Cofradía durante los años 2002 y 2006 en su segunda etapa. En este periodo el paso del Señor es restaurado y ampliado por D. José Carlos Rubio Valverde, quien le da mayores dimensiones y añade nuevos elementos ornamentales con la incorporación de nuevos faroles laterales y cuatro ángeles en las esquinas portando atributos pasionistas. También se sustituiría la tradicional cruz barroca por la actual cruz arbórea y Nuestro Padre Jesús de la Pasión estrenaría una túnica lisa. Por otro lado, D. Antonio Cuadrado realizaría una nueva candelería para el paso de palio y Dña. Mercedes Castro borda su bambalina frontal. En octubre de 2005, la Hermandad sufre un duro golpe con el fallecimiento de D. Lucio Gómez Gozalo, persona clave en la historia de nuestra Cofradía por la labor realizada al servicio de ésta durante, prácticamente, toda su vida. Dicha labor no pasó desapercibida para el mundo cofrade quedando refrendado con el nombramiento, por parte de la Agrupación de Hermandades y Cofradías de Córdoba, de Cofrade Ejemplar.

El periodo que va desde el año 2006 al 2014 es el que corresponde a la etapa en la que D. Félix Pelayo Orozco ocuparía el principal cargo de la Cofradía. Obligado se vio a volcar gran parte de su labor en los inicios de su mandato a la recuperación de todos los enseres deteriorados como consecuencia del tremendo e inesperado aguacero sufrido por la Hermandad en ese fatídico Miércoles Santo del año 2005. Sin embargo, tras este importante varapalo, la Cofradía sigue mirando al futuro y su patrimonio sigue ampliándose y enriqueciéndose. Dña. Mercedes Castro lleva a cabo varios proyectos como son el bordado del paso de palio de María Santísima del Amor y San Juan Evangelista al que añade la bambalina trasera, un impresionante Simpecado y una saya donada por la cuadrilla de costaleros de la Virgen tras un proyecto encabezado por su capataz D. Antonio Jurado Priego. También se amplía la candelería del palio y se estrenan ciriales en los tramos de ambos pasos. Asimismo, en el año 2012, se lleva a cabo una profunda remodelación de la capilla de nuestros Sagrados Titulares en la parroquia de Nuestra Señora de la Paz (San Basilio) a la que se incorporará una artística vidriera con el escudo de la hermandad en uno de sus laterales.

En otro orden de cosas, en este periodo se funda el Grupo Joven de la Hermandad que, desde sus comienzos, muestran una gran actividad e implicación en la vida interna de la Cofradía. La Hermandad adquiere un local en el barrio de la Fuensanta, que es utilizado para guardar los diferentes pasos de Nuestros Titulares. Sin embargo, no toda la labor de la Junta de Gobierno de la Hermandad se centró en el enriquecimiento patrimonial, sino que también se lleva a cabo una importante labor social mediante la organización de numerosas actividades destinadas a paliar las necesidades básicas de los hermanos y feligreses de la parroquia.

En septiembre del año 2012, tras una reñida votación, nuestro hermano Francisco Gómez Sanmiguel pasa a ocupar el cargo de Presidente de la Agrupación de Hermandades y Cofradías de Córdoba, siendo la primera vez que un hermano de Pasión tiene el honor de dirigir el máximo organismo cofrade cordobés.
El 14 de septiembre de 2013, Nuestro Padre Jesús de la Pasión participa en el histórico Vía Crucis Magno de la Fe organizado por la Agrupación de Hermandades y Cofradías de Córdoba. Nuestro Titular presidiría la VII Estación “Jesús carga con la cruz” y sería acompañado musicalmente por la sevillana Agrupación Musical “Virgen de los Reyes”.

El 30 de junio de 2014, los hermanos de la Cofradía depositan su confianza en D. Manuel Díaz Ordoñez para encabezar una nueva etapa para la Hermandad. El nuevo Hermano Mayor afronta, con compromiso e ilusión, la celebración del LXXV Aniversario de la Erección Canónica de la Hermandad, entre otros ambiciosos proyectos. En la actualidad son Hermanos Mayores Honorarios D. José Mellado Martínez, por su constante colaboración con nuestra Hermandad, y el Cuerpo Superior de Policía Nacional. Así mismo, es nombrada Hermano de Honor la Casa de Sevilla en Córdoba desde diciembre de 1974.